Flores ist durch ein
ozeanisch-subtropisches
Klima geprägt

Die Lage im Atlantik sorgt für ausgeglichene Jahreszeiten und Temperaturen. So gibt es sehr milde Winter und weniger heiße Sommer. Zudem sind die Luftmassen aufgrund des langen Weges über dem offenen Ozean relativ feucht. Zugleich befinden sich die Inseln während des größten Teiles des Jahres unter dem Einfluss der subtropischen Hochdruckzone.

Das Azorenhoch, dem Volksmund oft bekannter als die Inseln selbst, ist dabei keinesfalls durch beständigen Sonnenschein geprägt. Aufgrund der hohen Luftfeuchtigkeit entstehen häufig, aber nicht immer, tiefe, mal geschlossene, mal aufgelockerte Wolkenschichten.

Anders als z. B. im Falle der Kanaren oder Madeira ist die Windrichtung auf den Azoren aber nicht vorherrschend aus Nordost, sondern wechselnd; manchmal gibt es aufgrund einer Lage mitten in der Hochachse auch sehr schwache Winde. Generell bringen diese tiefen Wolken keinen oder nur sehr schwachen Niederschlag.

Die Inseln liegen mit 36 bis 40 Grad geographischer Breite wesentlich nördlicher als Madeira und die Kanaren und können daher ganzjährig von Tiefausläufern erreicht werden. Im Hochsommer herrschen etwa 50 % Sonnenschein und vorwiegend trockene Bedingungen vor.
Ab September nimmt der Tiefeinfluss jedoch an Häufigkeit zu, mitunter geraten die Inseln auch in den Randeinfluss von alternden tropischen Stürmen; selten, etwa einmal pro Jahrzehnt, überqueren Reste von Tropenstürmen sogar unmittelbar die Inseln und können dort für starke Winde und intensive Niederschläge sorgen.

Der „Azorenwinter“ zwischen Dezember und April erinnert eher an den September in Mitteleuropa: er kann sowohl durch relativ ruhige, milde Hochdrucklagen wie auch durch intensives Westwetter mit heftigen Stürmen, Regenfronten, Gewitter etc. geprägt sein. Vielfach dominiert den ganzen Monat über entweder das Hoch oder der Tiefdruckeinfluss. Tiefgeprägte Wintermonate können extrem regenreich sein (bis zu 300 mm), hochdruckgeprägte dagegen trocken verlaufen.

Das Klima auf der westlichst gelegenen Insel Flores ist wesentlich wolken- und regenreicher als auf der östlich gelegenen Insel Santa Maria. Flores hat ca. 1600 Sonnenstunden (etwa wie im Ruhrgebiet), Santa Maria ca. 1900 Stunden (etwa wie im Oberrheingraben). Die Niederschläge variieren zwischen 900 mm auf Santa Maria (auch etwa wie im Ruhrgebiet) und rund 1500 mm auf Flores (etwa wie im Berchtesgadener Land). Besonders signifikant ist der Unterschied im Sommer, wo Santa Maria oft trocken bleibt und damit dem mediterranen Klima ähnelt, während Flores öfter Regenschauer bekommt und damit bei den sehr warmen Temperaturen in Tieflagen schon fast feucht-tropisch anmuten kann. In höheren Lagen der Vulkangipfel nimmt die Sonnenscheindauer weiter ab und die Niederschlagsmenge zu; mancherorts können über 5000 mm erreicht werden (so heftig wie etwa in Südostasien). Ab 400 m Seehöhe ist auch Nebel sehr häufig, insbesondere im Winter, da die Wolkenschichten sehr tief hängen. Die Temperaturen liegen im „Azorenwinter“ im Mittel bei 11 Grad in der Nacht und 17 Grad am Tag. Kalte Nächte bringen etwa 6 Grad, sehr milde Tage rund 22 Grad (Wassertemperatur 16 Grad). Die Inseln sind völlig frostfrei und ermöglichen damit auch manchen tropischen Pflanzen das Überleben. Erst ab ca. 400 m kann Frost auftreten, ab ca. 800 m in seltenen Fällen Schneefall. Der Vulkangipfel auf Pico ist mit 2300 m Höhe im Winter sehr häufig schneebedeckt. Im Sommer (August) erreicht die mittlere Temperatur milde 19 Grad in der Nacht und 25 Grad am Tag. Kühle Sommernächte haben 15 Grad, warme Sommertage erreichen die 30-Grad-Marke. Die Wassertemperaturen betragen 22 bis 24 Grad.